Doa Qunut biasanya dibaca dalam shalat Subuh pada raka’at kedua setelah ruku’ dan sebelum sujud. Jadi urutannya adalah: setelah bangun dari ruku’, membaca “Sami’Allahu liman hamidah, Rabbana lakal hamd”, lalu membaca Doa Qunut sebelum pergi ke posisi sujud.
Namun, dalam tradisi sebagian umat Islam, khususnya mazhab Shafi’i, doa Qunut juga dibacakan dalam shalat Witir yang dilakukan setelah shalat Isya’ selama bulan Ramadan.
Dalam keadaan tertentu, seperti saat ada bencana atau musibah, doa Qunut juga bisa dibacakan dalam shalat-shalat fardhu lainnya sebagai bagian dari Qunut Nazilah, yang merupakan doa khusus yang dibacakan untuk memohon pertolongan atau perlindungan Allah.
